Het hypermobiliteitsyndroom (HMS) gaat vaak gepaard met pijn. Deze pijn heeft voor een groot deel een duidelijke signaalfunctie. Luisteren naar deze pijn is de beste manier om de grenzen te bewaken. De pijn kan je waarschuwen wanneer een gewricht te ver wordt doorgestrekt, de pijn kan aangeven dat je lang genoeg in een houding hebt gezeten, of dat je niet verder moet lopen. De pijn kan je vertellen dat er iets in een gewricht niet goed zit en daarmee erger voorkomen. Pijn is eigenlijk onmisbaar om op een goede manier met een hypermobiel lichaam om te kunnen gaan. De acute pijn is niet de neige oorzaak van pijn bij HMS. Doordat HMS-patiënten speling op de gewrichten hebben, zullen we veel last hebben van spierpijn, irritatie, en overbelasting  van gewrichten, of zelfs ontstekingen. Daarnasst bestaat de kans dat de gewrichten al vroeg gaan slijten; dat er atrose optreedt.

Naast mechanische oorzaken van pijn bij HMS zijn er nog een aantal andere factoren die wellicht een rol spelen. Zo blijkt dat pijn moeilijker te dragen is wanneer iemand verdrietig, angstig of boos is dan wanneer iemand gelukkig, blij en ontspannen is. Helaas zorgen juist de beperkingen, het onbegrip van zowel omgeving als artsen, de onzekere toekomst en dergelijke voor veel emotionele stress bij mensen met HMS. 

Er zijn aanwijzingen dat er wellicht neurofysiologische zaken een rol spelen bij HMS. Ook zijn er medici die vermoeden dat de registratie en verwerking van pijn bij mensen met een bindweefselziekte, juist door het slechte bindweefsel, wel eens anders zou kuinnen zijn dan "normaal". Hierover wordt nog druk gespeculeerd. 

Veel artsen onderschatten helaas de pijn die bij HMS kan optreden. Door hen wordt namelijk aangenomen dat HMS weinig invloed zal hebben op het leven van een patiënt en qua pijn niet vergelijkbaar is met de meeste reumatische aandoeningen. Dit gebeurt dus ondanks dat zowel patiënten als recente publicaties het tegendeel betogen. Artsen weten dus ook niet alles.